Какова роль динофитовых водорослей в природных процессах, в жизни человека? Они, как, впрочем, и криптофитовые, очень чувствительны к изменениям внешней среды, особенно к органическому загрязнению. Это позволяет применять некоторые виды отдела в качестве тест-объектов при санитарном-биологическом анализе воды. Многие виды активно участвуют в процессах самоочищения загрязненных промышленными и бытовыми стоками вод. Развитие их в большом количестве может служить надежным показателем чистоты воды. Кроме того, динофитовые водоросли используют в геологии для определения возраста осадочных пород (их панцири хорошо сохраняются в ископаемом состоянии).
Динофитовые и криптофитовые водоросли, которых до недавнего времени объединяли в единый отдел пирофитовых водорослей,— древние организмы. Вероятно, они произошли от примитивных амебоидных видов, что роднит их с золотистыми водорослями, а особенности пигментного состава указывают на их родство с бурыми водорослями. Достоверны находки панцирей динофитовых водорослей в отложениях, возраст -которых около 250—280 млн. лет.